戦乱の世、多くの優秀な忍者を輩出させた忍びの里。 その里を故郷に持つ忍び――帯刀。 長い戦も終わり、若くして現役を退いた帯刀は故郷である里に戻る。 そこで帯刀に与えられた新しい任務、それは―― 「落ちこぼれ忍者候補生たちを一人前の忍者に教育すること」 そんな帯刀の前に現れる、へっぽこ忍者（くのいち）達。 「特落組」の異名を誇る彼女達はいずれ劣らぬ問題を抱えていた。
――ある者は万年留年生。 ――ある者は我がまま全開のお姫様。 ――ある者は秘密を抱えた双子。 ――ある者は御禁制の品物を売りさばく西洋からの留学生。 ――ある者はその手を朱に染める暗殺者。
そんなくのいち達と一つ屋根の下で暮らし始める帯刀。 真面目な忍術から、ちょっとエッチな忍術まで教えることはまだまだ沢山。 胸に秘めるは忍道、くのいち道。 天下に名立たる忍びを目指し、誓う言葉は―――― くのいちばんっ！